Anciennement connues sous le nom d'adujoir, signifiant que la rivière s'y engouffre, les Grottes de Neptune sont aménagées pour le tourisme. Outre quelques grandes galeries fréquentées par les touristes, leur réseau comporte quelques salles et plusieurs sous-réseaux spéléologiques dont les galeries sont soit étroites, soit hautes, soit les deux à la fois... Le plafond s'élève à une dizaine de mètres à divers endroits de la cavité. Les grottes de Neptune sont connectées à la grotte du Pont d'Avignon où la rivière, l'Eau Noire, résurge après un parcours souterrain qui reste mystérieux.
À l'origine, le réseau supérieur et le réseau inférieur des grottes de Neptune étaient connectés par une fissure étroite. Celle-ci a été artificiellement élargie sous la forme d'un tunnel au milieu du XXème siècle afin de permettre le passage des visiteurs. Dans la plus grande salle du réseau, le public navigue en barques sur un lac et s'arrêtent pour un spectacle de sons et lumières qui met l'eau en scène.
